Respuesta
La diferencia reside en el uso que se le da a la palabra. En su forma más amplia yo tomaría aves y pájaros como sinónimos, siendo la denominación de una clase de animales dentro del filo o tipo de los vertebrados. Tan es así que en otros idiomas no hay dos denominaciones distintas. Por ejemplo en inglés "bird" significa tanto ave como pájaro.
Pero qué dice la Real Academia Española (RAE)? En su primera acepción dice para "pájaro" que es un ave, especialmente si es pequeña. El "especialmente" indica una tendencia en el uso del témino, pero no excluye a las que no son pequeñas (vuelen o no, por ejemplo albatros y avestruz, no están excluídas de esta acepción).
La acepción 4 de la definición de "pájaro" la da como "ave paseriforme", siendo además "paseriforme": "las aves que se caracterizan por tener tres dedos dirigidos hacia delante y uno hacia atrás, para poder asirse con facilidad a las ramas, aunque hay especies terrícolas". Esto excluiría a los avestruces y ñandúes que no tienen el dedo hacia atrás, pero, de nuevo, es la interpretación posible en un contexto dado del uso del término "pájaro", y en otro contexto puede tomarse idéntico a "ave". De hecho en la acepción 8 de la RAE donde relaciona el término "pájaros" con la zoología la considera una clasificación en desuso (el que sólo tome a las aves paseriformes).
Mis conclusiones son:
1) en un sentido amplio ambos términos describen lo mismo;
2) en el uso común/cotidiano es más común vincular "pájaro" a las aves de menor tamaño y/o a las que vuelan;
3) sin embargo el que vuele no es excluyente, y de hecho al pingüino, que no vuela, se lo llama también pájaro bobo.
Fuente: YahooAnswers
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